A definição da base genética para a qual a DEP foi predita é de suma importância para o entendimento de sua magnitude, porém, a escolha de uma determinada base não afeta a classificação dos animais.

Em todos os casos, os valores das DEPs são expressos em relação à população base. A definição da base é arbitrária; no entanto, geralmente, a base é definida assumindo-se o valor da média das DEPs de todos os animais nascidos em um certo ano ou período de tempo, como sendo zero. Isto determina que as DEPs informadas para animais nascidos em um ano particular, são relativas ao mérito genético médio dos animais nascidos no ano ou período tomado como base.

Como a população dos rebanhos participantes do PMGRN encontra-se em franca expansão, adotou-se, a base implícita no procedimento de avaliação, que considera a média das DEPs de todos os animais dos quais não se conhecem informações dos antecessores, como sendo zero. Desta maneira, a base fica constituída principalmente pelos reprodutores mais antigos, os quais, de fato, representam parte da origem genética da população atual da raça.